Em seus quase 12 anos de existência o São Carlos Futebol Clube realizou sua maior temporada em 2016. Com o fim da participação na Copa Paulista a equipe profissional encerrou sua participação na temporada com número recorde de jogos disputados.
Nesta temporada a Águia da Central realizou 45 jogos com 20 vitórias, 12 empates e 13 derrotas (53,3% de aproveitamento).
Dentro de campo o São Carlos teve nas duas competições que disputou times competitivos chegando a fases decisivas. Na Série A3 terminou na 4ª colocação deixando o acesso à Série A2 escapar na última rodada. Na Copa Paulista a Águia da Central realizou sua melhor campanha em suas participações chagando às quartas de final conseguindo a 7ª colocação.
A diretoria já trabalha para a próxima temporada onde disputará a partir de 29 de janeiro do Campeonato Paulista da Série A3.
